質問
.gvfs に対するスキャンエラー（permission denied）を避ける方法はありますか？
回答
/root/.gvfs は、GNOME関連のファイルであり、GNOME が起動しておりますと自動マウントになっている状態となります。
OS ディストリビューションによっては、該当ファイルをスキャン除外に追加設定して回避可能な場合も御座いますが、除外にて回避できない場合は、下記のコマンドでアンマウントを実施することで状況の改善がみられるかお試し下さい。
# umount /root/.gvfs
【umount が実施出来ない環境、スキャン除外を行っても回避できない環境の場合】
fsavd がスキャンを行う前にファイルのリストを作成しますが、そこで失敗しエラーとなっているため、スキャン実行で指定するディレクトリを、.gvfs ファイルが置かれている階層より下のディレクトリを指定してスキャンを実行するしかエラーの回避方法はございません。
（.gvfs と同階層、およびその上位階層のディレクトリを指定してスキャンを行った場合、本ファイルに対する permission error が発生致します。）